Fara å färde! Coronavirus kan mutera snabbt

Denna mycket intressanta artikel publicerades 20 april i South China Morning Post: Kinesisk studie anger att Coronavirusets förmåga att mutera har underskattats mycket, och mutationer påverkar aggresiviteten hos stammar

En ny studie finner att SARS-CoV-2: s förmåga att mutera har underskattats mycket. En grupp forskare vid Zhejiang University, ett toppforskningsuniversitet beläget i Hangzhou, huvudstaden i den östra kinesiska provinsen Zhejiang, har gjort vad som kan vara ett kritiskt genombrott i vår förståelse av det stora variationen av symtom bland patienter. Studier har antytt att upp till hälften av dem som har smittats med viruset kan vara ”asymptomatiska”, en kategorisering som inkluderar de som upplevde milda symtom, som vid en vanlig förkylning eller som har litet feber.

Nu har denna forskargrupp upptäckt 31 nya muterade virusstammar som kan förklara den envist höga dödligheten i delar av Europa och New York. Enligt South China Morning Post uppvisade några av de muterade stammarna en mycket större förmåga att invadera mänskliga celler, vilket innebär att vissa stammar kan vara mycket dödligare än andra. Dessutom visade sig dessa stammar vara ”genetiskt lika” virus i prover från New York och Italien.

Studien ledd av professor Li Lanjuan, den första kinesiska akademikern som rekommenderade fullständig nedstängning för att bekämpa viruset, visar för första gången en sannolik koppling mellan typen av infektion och symptomen svårighetsgrad. Detta är inget annat än ett genombrott – även om det inte uppmärksammas av den amerikanska pressen, förmodligen för att hälsojournalister fått höra att Dr. Fauci sade förra månaden att det inte fanns ”några bevis” för dödliga mutationer, men dessa forskare har dock funnit exakt det. Fastän denna forskning har ännu inte replikerats eller granskats och bedömts av vetenskaplig tidskrift.

”Sars-CoV-2 har förvärvat mutationer som kan väsentligt ändra dess sjukdomsalstrande förmåga” skrev Li och hennes team i sitt icke-peer-granskade papper som publicerades av non-peer reviewed research medRxiv.org.
Redaktören: Vetenskapliga tidskrifter skickar en insänd artikel för bedömning av vanligen minst två andra för författarna anonyma experter, så kallad peer review. Ibland är författarna också anonyma för granskarna, men kan inte sällan identifieras genom uppgifter om den plats där en studie skett.
Vanligen rekommenderar dessa peer review först större eller mindre omarbetningar. Därefter går den reviderade artikeln tillbaka till redaktionen som tar ställning till publicering eller refusering.

Li tog till ett ovanligt sätt att undersöka virusmutationen. Hon analyserade de virala stammarna isolerade från 11 slumpmässigt utvalda Covid-19-patienter från Hangzhou i östra provinsen Zhejiang och testade sedan hur effektivt de kunde infektera och döda celler. De dödligaste mutationerna hos Zhejiang-patienterna hade också hittats hos de flesta patienter över hela Europa, medan de mildare stammarna var de dominerande sorterna som finns i delar av USA, till exempel i delstaten Washington.

En separat studie fann att New York-stammar hade importerats från Europa. Dödsfrekvensen i New York liknade den i många europeiska länder, eller var värre. Men den svagare mutationen innebar inte en lägre risk för alla, enligt Li: s studie. I Zhejiang blev två patienter i 30- och 50-åldern som drabbades av den svagare infektiösa stammen allvarligt sjuka. Även om båda överlevde i slutändan, behövde den äldre patienten behandling på en intensivavdelning. Li: s studie omfattade ett litet antal stammar, bara några få dussin undersöktes, i motsats till hundratals eller tusentals stammar i stora studier av nya virus.

Li’s team upptäckte mer än 30 mutationer. Bland dem var 19 mutationer nya. De fann att några av dessa mutationer kan leda till funktionella förändringar i virusets spikeprotein, en unik struktur över det virala höljet som gör det möjligt för coronavirus att binda till mänskliga celler. Datorsimulering förutspådde att dessa mutationer skulle öka dess infektionsförmåga. Det faktum att sådana oväntat intensiva variationer kan uppstå från ett prov på färre än ett dussin patienter innebär att den genetiska variationen hos detta virus kan vara mycket högre än ursprungligen förväntat. Och det kan ha muterats sedan utbrottet började, vilket naturligtvis kan skapa komplikationer i jakten på ett vaccin.

Mest oroväckande var några av de muterade stammarna så mycket som 270 gånger så stor infektionsbelastning som de svagaste stammarna. För att verifiera teorin infekterade Li och kollegor celler med stammar som bar olika mutationer. De mest aggressiva stammarna kan alltså generera 270 gånger så mycket viral belastning som den svagaste typen. Dessa stammar dödade också cellerna snabbast. Det var ett oväntat resultat från färre än ett dussin patienter, ”vilket indikerar att den verkliga mångfalden i de virala stammarna fortfarande till stor del undervärderas,” skrev Li i tidningen

Det är bara den senaste påminnelsen om hur mycket vi inte vet om detta virus. Prognosen att ett virus kan ta 18 månader till 2 år att utvecklas är baserad mest på gissningar och önsketänkande. På grund av detta kan det dröja mycket längre tills ett vaccin eller ett botemedel finns till handa än vad många förväntar sig.

Coronavirus ändras med en genomsnittlig hastighet på cirka en mutation per månad. Tjugonde april hade mer än 10 000 stammar sekvenserats av forskare runt om i världen, innehållande mer än 4 300 mutationer, enligt China National Center for Bioinformation.

De flesta av dessa prover sekvenserades dock med en standardmetod som snabbt kunde generera ett resultat. Genen lästes bara en gång, och det finns utrymme för misstag. Li’s team använde en mer sofistikerad metod som kallas ultradjup sekvensering. Varje byggsten i virusgenomet lästes mer än 100 gånger, vilket gjorde det möjligt för forskarna att se förändringar som kunde ha förbises med det vanliga tillvägagångssättet.